Національний заповідник «Глухів» утворений і функціонує відповідно до постанови КМУ від 8 лютого 1994 р. № 80, та постанови КМУ від 2 жовтня 1998 р. № 1576 та інших нормативних документів. Відповідно до Указу Президента України від 10 листопада 2008 р. № 1027/2008 заклад отримав статус національного.
Основними напрямками діяльності заповідника є здійснення заходів з охорони і збереження об’єктів культурної спадщини, забезпечення належного використання пам’яток містобудування і архітектури, реставрація пам’яток, регенерація архітектурного середовища, проведення науково-дослідної, науково-методичної, інформаційної, культурно-просвітницької роботи.
Заповідник здійснює екскурсійну діяльність за 16 маршрутами, проводить роботу з комплектації та обліку музейних зібрань, погоджує проекти реконструкції будівель на території заповідника, організовує та координує проведення наукових досліджень, видає власну газету «Соборний майдан», збірник наукових праць «Сіверщина в історії України», внесений до переліку фахових видань з історичних наук.